Musiało jednak minąć kilkanaście lat, by w założonym przez Zamoyskiego mieście mogła powstać szkoła stopnia uniwersyteckiego. Jej założenie poprzedziło istnienie w Zamościu szkół niższego szczebla – założonej w 1581 r. szkoły, kierowanej przez filozofa Jana Herbsta (przekształconej w 1584 w szkołę parafialną) i powołanego w 1589 r. gimnazjum, którym przez trzy lata kierował piszący po łacinie poeta Sebastian Klonowicz z Lublina.

Otwarcie uczelni

Zorganizowanie bardziej ambitnej szkoły średniej, jaką było zamojskie gimnazjum, pozwoliło Zamoyskiemu myśleć poważnie o powołaniu wyższej uczelni. Wydatnie pomógł mu w tym znakomity poeta nadworny Szymon Szymonowic, który zwerbował trzech profesorów z Krakowa i przyczynił się do uruchomienia w 1594 r. zamojskiej drukarni. Mając zapewnione zaplecze lokalowe i kadrę profesorską, 5 kwietnia 1594 r. Jan Zamoyski publicznie ogłosił utworzenie Akademii. Kilka miesięcy później bullę o powołaniu uczelni zatwierdził papież Klemens VIII, który przy tej okazji dodał swój herb rodowy Aldobrandinich do godła Akademii. Uroczyste otwarcie Akademii miało miejsce 5 IV 1595 r. Z jego okazji Zamoyski wydał odezwę „Do Polaków”.

Szkoła dla młodzieży szlacheckiej

W zamierzeniu fundatora Akademia Zamojska miała być szkołą dla młodzieży szlacheckiej, przygotowującą ją do służby państwowej. Jej struktura wzorowana była na słynnej w owym czasie szkole Sturma w Strasburgu, do której w młodości Zamoyski uczęszczał.

Studia były dwuetapowe – dzieliły się na stopień niższy (classes inferiores) i wyższy (classes superiores). Językami wykładowymi były łacina i greka. W początkowym okresie istnienia uczelni utworzone zostały trzy wydziały - filozoficzny, prawniczy i medyczny. Wysoki poziom nauczania zapewniało w czasach Zamoyskiego grono 15 profesorów, wśród których byli wybitni uczeni – prawnik Tomasz Drezner, filozof Adam Burski i medyk Jan Niedźwiecki – Ursinus. Pierwszym rektorem akademii został wszechstronnie wykształcony Melchior Stefanides.

Szkoła katolicka – i mieszczańska 

Od samego początku Akademia Zamojska miała wyraźny charakter katolicki (wyrażający się m.in. jej organizacyjno – prawnym powiązaniem z Kolegiatą) i nastawiona była na pozyskiwanie dla katolicyzmu innowierczej młodzieży z płd.–wsch. obszarów ówczesnej Rzeczypospolitej. Wbrew intencjom fundatora charakter uczelni zmienił się szybko ze szlacheckiego na plebejski – w latach 1607 – 1609 młodzież pochodzenia szlacheckiego stanowiła zaledwie 5% spośród 237 nowoprzybyłych studentów, zaś najliczniejszą grupą studentów byli mieszczanie.

Upadek uczelni

Okres świetności Akademii trwał do 1620 r. W okresie późniejszym nastąpił upadek. Winni temu byli m.in. kolejni ordynaci zamojscy, spadkobiercy Jana Zamoyskiego, którzy nie wykazywali należytej troski o stworzoną przez ich przodka uczelnię.

Sytuację poprawiła nieco reforma, przeprowadzona w 1746 r. przez delegata Stolicy Apostolskiej bpa Jerzego Lascarisa, jednak zmiany na lepsze nie trwały długo. W 1784 r. Akademia Zamojska została zamknięta przez zaborcze władze austriackie, które utworzyły w jej miejsce Liceum Królewskie, przekształcone na przełomie XVIII i XIX w. w Szkołę Wojewódzką im. Zamoyskich, która pod patronatem ordynatów Andrzeja (kanclerza wielkiego koronnego) i Jana Kostki Zamoyskich osiągnęła bardzo wysoki poziom. Kres istnieniu tej szkoły położyły działania wojenne 1809 r. po których (po dwuletniej przerwie) szkoła została reaktywowana, ale już w innym miejscu, tj. w Szczebrzeszynie.

Budynek Akademii

Gmach dawnej Akademii Zamojskiej jest obecnie siedzibą I Liceum Ogólnokształcącego im. Jana Zamoyskego. Nie jest to jednak budowla z czasów fundatora. Wczesnobarokowy gmach powstał w drugiej fazie dziejów uczelni, w latach 1639 – 1648 a ostatecznie ukończony został dopiero w połowie XVIII w. Jak wyglądała Akademia w czasach Jana Zamoyskiego – nie wiadomo.

Bartłomiej Kozłowski